При устройстве сада на крыше возникает целый ряд проблем, в частности, постоянно высокий уровень влажности. Эксплуатируемые крыши должны обладать повышенной влагостойкостью и как можно более низким влагопоглощением. Это связано с тем, что проникновение в структуру утеплителя паров воды и влаги, многократные циклы «замораживания-оттаивания» в конечном итоге приводят к потере теплоизоляционных свойств и разрушению материала.
Несущие конструкции эксплуатируемой крыши должны выдерживать вес почвенного слоя и вес растений, экстраполированный во времени, другие эксплуатационные нагрузки, как правило, неравномерно распределенные по площади поверхности, а также ветровые нагрузки.
Кроме обычных для любого гидроизоляционного материала разрушающих факторов добавляются новые: микроорганизмы, химические вещества и корневые системы растений. К тому же, если в Европе и других регионах с умеренным и теплым климатом традиционные битумные кровельные материалы служат достаточно долго, то в России сроки безремонтной эксплуатации этих кровельных материалов гораздо короче. Исследования показали, что обыкновенная битумная мембрана способна противостоять корням растений не более шести недель.
Чтобы повысить устойчивость гидроизоляции, были разработаны специальные химические препараты – антикорневые добавки, которые внедряют в битумно-полимерное вяжущее в процессе производства гидроизоляционного материала и равномерно распределяют по всей его толщине. Они делают мембрану полностью непроницаемой для корней растений. Большинство существующих на данный момент битумно-полимерных гидроизоляционных корнестойких материалов для зеленых кровель используют именно этот метод защиты.
Существует вариант защиты кровли, при котором на гидроизоляционную мембрану наносят медную фольгу. В современных системах озеленения функцию гидроизоляции выполняет полимерная мембрана.
Перед установкой системы озеленения на крышу старого здания необходимо провести экспертизу кровли. Если кровля требует ремонта, необходимо выполнить его до установки системы озеленения, поскольку в отличие от обычной кровли ремонт многослойного кровельного пирога зеленой кровли, в случае возникновения протечки, требует больших усилий и средств.
Одним из уязвимых мест зеленых кровель является примыкание к вертикальным поверхностям. Во избежание протечек в этих местах край гидроизоляционного слоя должен быть поднят вдоль вертикальной поверхности.
Решение этих проблем лежит в строгом соблюдении проектных требований. Если требования нарушаются, возникают протечки, разрушается конструкция кровли, происходит загнивание грунта и растений, а также высыхание (или вымерзание) растительного слоя.